Araştırmacılar neredeyse 2.000 yeni bağırsak bakterisi keşfetti
Son zamanlarda yapılan çok sayıda araştırmaya göre, insan bağırsağı bakteri popülasyonları fiziksel ve zihinsel sağlığımızın çeşitli yönlerini etkileyebilir. Buna rağmen, birçok bakteri bilim adamları tarafından "haritalanmamış" durumda kalmaktadır. Yeni bir çalışma, daha önce bilinmeyen yaklaşık 2.000 bağırsak bakterisini ortaya çıkardı.
Kapsamındaki son araştırmalar Tıbbi Haberler Bugün bağırsak mikrobiyotasının Parkinson hastalığı ve demansta bir rolü olabileceğini göstermişler ve tip 2 diyabet ilacının bazıları için iyi ama diğerleri için neden işe yaramadığını açıklayabilirler.
Yeni araştırma - dün dergide yer alıyor Doğa - şimdi, bilim adamlarının daha önce bir laboratuvarda hiç kültür yapmadıkları yaklaşık 2.000 yeni bağırsak bakteri türünü tanımladı.
Her ikisi de Hinxton, Birleşik Krallık'ta bulunan Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EMBL-EBI) ve Wellcome Sanger Enstitüsü'nden araştırmacılar ekibi, dünyanın dört bir yanındaki katılımcılardan alınan bağırsak mikrobiyom örneklerini değerlendirmek için hesaplamalı analiz kullandı.
EMBL-EMI'den çalışmanın yazarı Rob Finn, "Hesaplamalı yöntemler, laboratuvarda henüz kültürleyemediğimiz bakterileri anlamamıza olanak tanıyor," diye açıklıyor.
"Bakteriyel genomları yeniden yapılandırmak için metagenomikleri [genetik materyalin analizi] kullanmak, son görüntünün neye benzediğini bilmeden, tüm parçaları birbirine karıştırdıktan ve son görüntünün neye benzediğini bilmeden yüzlerce bulmacayı yeniden yapılandırmaya benziyor. sadece biraz daha sert hale getirmek için karıştırın, ”diye devam ediyor.
Bununla birlikte Finn, "Araştırmacılar, insan bağırsağına ilişkin yeni içgörüler ortaya çıkarmak için laboratuvar çalışmalarını tamamlamak ve bazen de rehberlik etmek için bir dizi hesaplama aracını kullanabilecekleri bir aşamadalar."
Yeni bir yaklaşım
Ekip, 11.850 farklı bağırsak mikrobiyotasından alınan örneklerden 92.143 genomu yeniden oluşturmayı başardı.
Bu, araştırmacıların kendilerinin ve diğerlerinin bu noktaya kadar bilmedikleri 1.952 bağırsak bakteri türünü tanımlamalarına izin verdi.
Finn ve meslektaşları, pek çok bakteri türünün tabiri caizse "düşük bir profile sahip olduğunu" açıklıyor, çünkü bilim adamları onları bağırsaklarda çok düşük sayılarda buldular veya bağırsak ortamı dışında yaşayamazlar.
Bunun, bilim insanlarının bildikleri bağırsak bakterileri listesine bu tür türleri eklemelerini şimdiye kadar engellediğini belirtiyorlar. Bu nedenle, mevcut çalışmayı yürüten ekibin yeni bir yol izlemeye ve insan mikrobiyotasının daha kapsamlı bir "haritasını" bulmak için hesaplama yöntemlerinin bir kombinasyonunu kullanmaya karar vermesinin nedeni de budur.
Araştırmanın yazarlarından Alexandre Almeida, "Hesaplamalı yöntemler, insan bağırsağında yaşayan birçok bakteri türü, bunların nasıl geliştiği ve mikrobiyal topluluklarında ne tür roller oynayabilecekleri hakkında bir fikir edinmemizi sağlıyor" diyor.
"Sağlam bir plan" oluşturmaya doğru
"Bu çalışmada," diye açıklıyor Almeida, "daha önce görülmemiş bakteri türlerini belirlemek için gastrointestinal bakterilerin en kapsamlı halka açık veritabanlarından yararlandık. Kullandığımız analiz yöntemleri son derece yeniden üretilebilir ve gelecekte daha büyük, daha çeşitli veri kümelerine uygulanarak daha fazla keşif yapılmasına olanak tanıyor. "
Gelecekte, araştırmacılar, bu ve benzer çalışmaların, insan bağırsağını anlamalarına yardımcı olacağını ve bunun da çeşitli koşulların daha iyi tedavilerinin geliştirilmesine katkıda bulunacağını umuyorlar.
"Bunun gibi araştırmalar, gelecekte insan sağlığını ve hastalığını daha iyi anlamamıza yardımcı olabilecek ve hatta gastrointestinal hastalıkların teşhis ve tedavisine rehberlik edebilecek sözde bir insan bağırsağı planı oluşturmamıza yardımcı oluyor."
Wellcome Sanger Enstitüsü'nden ortak yazar Trevor Lawley'i inceleyin
Aynı zamanda ekip, bu çalışmanın araştırmacıları bağırsak bakterileri hakkındaki araştırmalardaki büyük boşluktan daha fazla haberdar ettiğini belirtti.
Araştırmacılar, şu anda Avrupa ve Kuzey Amerika'da yaşayanlar dışındaki popülasyonların özelliği olan bakteri türleri hakkında nispeten az şey biliyorlar.
“Avrupa ve Kuzey Amerika popülasyonlarından elde edilen verilerde aynı bakteri türlerinin çoğunun ortaya çıktığını görüyoruz. Bununla birlikte, bu çalışma için erişebildiğimiz birkaç Güney Amerika ve Afrika veri kümesi, eski popülasyonlarda bulunmayan önemli bir çeşitliliği ortaya çıkardı, ”diye belirtiyor Finn.
"Bu, insan bağırsağının bileşiminin gerçekten kapsamlı bir resmini elde etmek istiyorsak, yeterince temsil edilmeyen popülasyonlardan veri toplamanın gerekli olduğunu gösteriyor," diye ekliyor ve araştırmacıları ileride daha çeşitli kohortlara odaklanmaya teşvik ediyor.
